1987年8月——2000年3月在中共江苏省委党校任教；1996年曾赴瑞士、义大利等国学习深造；1999年被南京大学作为高层次引进人才破格评为政治学教授，2000年4月起作为旗帜型人才担任南京师範大学特聘教授，南京师範大学校学术委员会委员、校学位评定委员会委员，博士生导师，公共管理学院行政管理系主任、行政管理研究所所长，公共管理学院副院长、南京工业大学公共管理学院院长。金太军还担任全国青联委员， “江苏省青联常委”，九届、十届江苏省政协委员兼学习委员会委员、九三学社江苏省委常委，江苏省纪委、监察厅特约监督员，江苏省哲学社会科学 “十五”规划专家组成员。兼任中国政治学会理事、中国行政管理学会理事、全国政策科学研究会副会长、Chinese Public Administration Review（美国）、中国人民大学报刊複印资料《管理科学》、《公共行政》以及《行政论坛》等刊编委，教育部人文社会科学重点基地华中师範大学农村问题研究中心、中山大学行政管理研究中心、安徽大学、安徽财贸学院等校兼职教授。2007年12月调入苏州大学，现任苏州大学校学位委员会、学术委员会委员，政治与公共管理学院院长，特聘教授、博士生导师、公共管理一级学科带头人。

主持国家社科基金重大项目“应对重大突发公共事件的政府协调研究”、国家社科基金重点项目“政治文明建设与权力监督机制研究”、江苏省哲学社会科学重大项目与江苏省教育厅重大项目等20多项课题，出版《行政改革与行政发展》（83万字）等个人专着6部，在国内外学术刊物发表学术论文近200篇，其中，在《中国社会科学》、《政治学研究》、《战略与管理》、《管理世界》、《哲学研究》等专业权威性刊物或全国中文核心刊物上发表论文100余篇，被引用5800多篇次（据中国期刊网统计），CSSCI的论文数和被引用数在政治学和行政管理学科居全国前列。获省部级哲学社会科学优秀成果一、二等奖8项，其中独立获得江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖2项。出版个人专着《政治体制改革》、《行政改革与行政发展》、《村庄治理与权力结构》等6部，主持撰写着作30多部。在《中国社会科学》、《政治学研究》、《管理世界》、《哲学研究》等权威或核心期刊发表100多篇论文，被引用8000多篇次，居本学科全国前茅。

长期研究当代中国政府与政治、公共政策与社会治理等领域，是江苏省政治学和行政学界中青年学者的代表人物，江苏省迄今唯一的社会科学类“青年科学家”奖获得者，有突出贡献的中青年专家，江苏省“333高层次人才培养工程”首批中青年科技领军人才，高校优势学科“地方政府与社会管理”首席学科带头人，教育部首届新世纪优秀人才支持计画入选者。他先后指导学生荣获全国大学生“挑战杯”一等奖与特等奖。其关于社会管理的研究成果受中央领导同志的重视。